Jean Birnbaum débute sa carrière en 1997 sur France Culture, où il collabore au magazine quotidien Staccato. En 1999, il commence à travailler pour le quotidien Le Monde et il est nommé en 2011 directeur du Monde des livres, fonction qu’il exerce encore aujourd’hui. Il a réalisé le dernier entretien avec le philosophe Jacques Derrida, Apprendre à vivre enfin, publié en 2005. Il est également l’auteur de plusieurs essais tels que Leur jeunesse et la nôtre : l’espérance révolutionnaire au fil des générations ou encore Un silence religieux. La gauche face au djihadisme, lauréat du prix Aujourd’hui 2016. En 2023, il publie Seuls les enfants changent le monde, une réflexion personnelle et politique sur l’enfance, qui obtient le prix Étudiant du Livre politique. Enfin, dans le prolongement de son essai Le Courage de la nuance, Jean Birnbaum écrit La force d'être juste. Changer le monde sans refaire les mêmes erreurs, paru chez Flammarion en 2025. Dans ce dernier ouvrage, il affirme qu’on peut tout à fait défendre ses idées politiques, même radicales, sans être un fanatique.